廖明帜

一、基本信息

廖明帜，男，1983年生，教授/博导。

二、学习与工作经历

2002年-2006年，本科，西北大学数学系

2002年-2011年，博士，哈尔滨医科大学生物信息学院

2011年-至今，工作，西北农林科技大学生命学院

2017年-2018年，访问学者，美国加州大学圣地亚哥分校（University of California, San Diego）

三、社会服务与兼职

（1）国家自然科学基金通讯评审专家

（2）中国计算机学会生物信息学专业委员会委员

（3）中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会委员

（4）陕西省动物学会理事

（5）多个SCI杂志编辑、审稿人

四、联系方式

通讯地址：陕西杨凌西农路22号西北农林科技大学生命科学学院

邮编：712100

Email: liaomz@nwsuaf.edu.cn

五、研究方向与兴趣

生物数据大爆炸的时代，带给研究人员新的发展机遇的同时也带来了数据处理与分析方面的巨大挑战。为此，我们研究团队开展多组学“生物大数据”的信息挖掘工作，主要是利用数学、计算机等理论、工具开展计算系统生物学研究，构建专业数据库平台、开发生物算法软件，挖掘生物大数据背后的潜在信息（包括文本数据、基因组、转录组、蛋白质组、表观基因组、暴露组以及它们相互之间的复杂交互过程），实现从“大数据”到“大信息”的转变，以其发现生物学新现象、新标记、新规律。

我们目前关注动物生殖发育与生物信息学的交叉前沿研究方向，包括：（1）基础生物学研究：动物生殖发育的分子机理，干细胞干性维持及分化机理；（2）应用基础生物学研究：生殖遗传学、动物基因组选择育种等；（3）数理基础和应用研究：人工智能算法与生物大数据。

六、主要学术成果

（1）科研项目

主持多项国家及省部级项目：包括国家自然科学基金3项（31301938、61772431、62072377）、陕西省自然科学基金2项（2018JM6039、2014JQ3110）、陕西省人才专项1项（2013-2015）。

（2）论文发表情况

近年来发表SCI论文50多篇，论文发表在Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、Database(Oxford)、Genomics、Gene等生物信息学类期刊以及Journal of Biological Chemistry、Cell Death & Disease、Cell Cycle、Authophagy、Reproduction、Zoological Research、The FASEB Journal等生物类国际知名杂志，其中近5年以通讯作者身份论文发表IF>10的论文3篇，H-index指数23。

附：近5年以通讯作者身份发表论文列表

1 Li, H., Hou, J., Chen, Z., Zeng, J., Ni, Y., Li, Y., Xiao, X., Zhou, Y., Zhang, N., Long, D., Liu, H., Yang, L., Bai, X., Li, Q., Li, T., Che, D., Li, L., Wang, X., Zhang, P. & Liao, M. FifBase: a comprehensive fertility-associated indicators factor database for domestic animals.  Briefings in Bioinformatics , 1-7, doi:10.1093/bib/bbaa432 (2021).

2 Zhu, Z., Wu, X., Li, Q., Zhang, J., Yu, S., Shen, Q., Zhou, Z., Pan, Q., Yue, W., Qin, D., Zhang, Y., Zhao, W., Zhang, R., Peng, S., Li, N., Zhang, S., Lei, A., Miao, Y. L., Liu, Z., Chen, X., Wang, H., Liao, M. & Hua, J. Histone demethylase complexes KDM3A and KDM3B cooperate with OCT4/SOX2 to define a pluripotency gene regulatory network.  FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology 35, e21664, doi:10.1096/fj.202100230R (2021).

3 Yu, X. W., Li, T. T., Du, X. M., Shen, Q. Y., Zhang, M. F., Wei, Y. D., Yang, D. H., Xu, W. J., Chen, W. B., Bai, C. L., Li, X. L., Li, G. P., Li, N., Peng, S., Liao, M. Z. & Hua, J. L. Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells.  Zoological research 42, 401-405, doi:10.24272/j.issn.2095-8137.2020.373 (2021).

4 Wu, X. L., Zhu, Z. S., Xiao, X., Zhou, Z., Yu, S., Shen, Q. Y., Zhang, J. Q., Yue, W., Zhang, R., He, X., Peng, S., Zhang, S. Q., Li, N., Liao, M. Z. & Hua, J. L. LIN28A inhibits DUSP family phosphatases and activates MAPK signaling pathway to maintain pluripotency in porcine induced pluripotent stem cells.  Zoological research 42, 377-388, doi:10.24272/j.issn.2095-8137.2020.375 (2021).

5 Sun, C., Zhang, N., Yu, P., Wu, X., Li, Q., Li, T., Li, H., Xiao, X., Shalmani, A., Li, L., Che, D., Wang, X., Zhang, P., Chen, Z., Liu, T., Zhao, J., Hua, J. & Liao, M. Enhancer recognition and prediction during spermatogenesis based on deep convolutional neural networks.  Mol Omics 16, 455-464, doi:10.1039/d0mo00031k (2020).

6 Shen, Q., Xiao, X., Aierken, A., Yue, W., Wu, X., Liao, M. & Hua, J. The ACE2 expression in Sertoli cells and germ cells may cause male reproductive disorder after SARS-CoV-2 infection.  Journal of cellular and molecular medicine 24, 9472-9477, doi:10.1111/jcmm.15541 (2020).

7 Li, T., Li, Q., Li, H., Xiao, X., Warraich, D. A., Zhang, N., Chen, Z., Hou, J., Liu, T., Weng, X., Liu, Z., Hua, J. & Liao, M. Pig-specific RNA editing during early embryo development revealed by genome-wide comparisons.  Febs Open Bio 10, 1389-1402, doi:10.1002/2211-5463.12900 (2020).

8 Li, Q., Li, T., Xiao, X., Ahmad, D. W., Zhang, N., Li, H., Chen, Z., Hou, J. & Liao, M. Specific expression and alternative splicing of mouse genes during spermatogenesis.  Molecular Omics 16, 258-267, doi:10.1039/c9mo00163h (2020).

9 Wang, X., Wu, X., Zhu, Z., Li, H., Li, T., Li, Q., Zhang, P., Li, L., Che, D., Xiao, X., Liu, T., Hua, J. & Liao, M. Landscape of RNA editing reveals new insights into the dynamic gene regulation of spermatogenesis.  Cell Cycle 18, 3351-3364, doi:10.1080/15384101.2019.1676584 (2019).

10 Li, L., Che, D., Wang, X., Zhang, P., Rahman, S. U., Zhao, J., Yu, J., Tao, S., Lu, H. & Liao, M. CellSim: a novel software to calculate cell similarity and identify their co-regulation networks.  Bmc Bioinformatics 20, 9, doi:10.1186/s12859-019-2699-3 (2019).

11 Wang, X., Zhang, P., Li, L., Che, D., Li, T., Li, H., Li, Q., Jia, H., Tao, S., Hua, J., Zeng, W. & Liao, M. miRNA editing landscape reveals miR-34c regulated spermatogenesis through structure and target change in pig and mouse.  Biochemical And Biophysical Research Communications 502, 486-492, doi:10.1016/j.bbrc.2018.05.197 (2018).

12 Wang, W., Zhang, P., Li, L., Chen, Z., Bai, W., Liu, G., Zhang, L., Jia, H., Li, L., Yu, Y. & Liao, M. ATD: a comprehensive bioinformatics resource for deciphering the association of autophagy and diseases.  Database-the Journal Of Biological Databases And Curation , 10, doi:10.1093/database/bay093 (2018).

13 Che, D., Wang, Y., Bai, W., Li, L., Liu, G., Zhang, L., Zuo, Y., Tao, S., Hua, J. & Liao, M. Dynamic and modular gene regulatory networks drive the development of gametogenesis.  Briefings In Bioinformatics 18, 712-721, doi:10.1093/bib/bbw056 (2017).

14 Bai, W., Yang, W., Wang, W., Wang, Y., Liu, C., Jiang, Q., Hua, J. & Liao, M. GED: a manually curated comprehensive resource for epigenetic modification of gametogenesis.  Briefings In Bioinformatics 18, 98-104, doi:10.1093/bib/bbw007 (2017).